حقوق و مزایای کارکنان در سال جاری نیز به روال سال گذشته این‌گونه پرداخت می‌شود که حقوق و فوق العاده‌های مستمر با اعلام به خزانه‌داری مستقیم از دولت دریافت می‌کنند و پرداخت مزایا و فوق‌العاده‌های غیر مستمر طبق ضوابط بودجه و با توجه به اعتبار در اختیار دستگاه‌ اجرایی از سوی آن انجام می‌شود.

اگرچه مدت‌ مدیدی است سامانه حقوق راه‌اندازی شده و دستگاه‌ها ملزم به ارائه اطلاعات هستند اما علاوه‌ بر عدم ارائه اطلاعات، حال بین دو دستگاه برای قبول مسئولیت سامانه اختلاف پیش آمده است.